مأموریت: شناسایی مسائل حوزۀ تربیت رسمی و غیررسمی در ایران (مسئله شناسی)، طراحی الگوهای کاربردی برای حل این مسائل (الگوسازی) و ترویج الگوهای تولیدشده (ترویج الگو)
هدف کلان: ایجاد تغییرات و تحولات مورد نیاز در روندهای آموزشی و تربیتی موجود با تمرکز بر نظام تربیت رسمی (مهدکودک ها، آموزش و پرورش، آموزش عالی و حوزه های علمیه)
فعالیت محوری: طراحی الگوهای کاربردی تربیت مبتنی بر مبانی نظری سند تحول بنیادین آموزش و پرورش با تمرکز بر نظام تربیت رسمی (اولویت فعلی طراحی مدل تربیت دختر تراز انقلاب اسلامی)
۱- اندیشکدۀ خانواده / ۲- اندیشکدۀ تربیت / ۳- اندیشکدۀ توسعه مدیریت / ۴- اندیشکدۀ مدلسازی و خط‌مشی‌پژوهی
پژوهشکدۀ مهرستان (مطالعات حکمرانی)، یک پژوهشکدۀ تقاضامحور و خودگردان است که با همکاری مشترک دانشگاه اصفهان و مرکز احیاء اندیشه و سیرۀ علوی راه‌اندازی شده است و به منظور تلاش فعال و اثربخش در حوزۀ حکمرانی نظام اسلامی و با اولویت مسائل حوزۀ خانواده، تعلیم و تربیت، رسانه و مدیریت از طریق طراحی، تدوین، پیاده‌سازی و نشر مدل‌های کاربردی مبتنی بر معارف قرآن و سیرۀ اهل‌بیت(علیهم‌السلام)، فعالیت می‌نماید. در حال حاضر، چهار اندیشکده ذیل پژوهشکدۀ مهرستان مشغول به فعالیت هستند:
۱- اندیشکدۀ خانواده / ۲- اندیشکدۀ تربیت / ۳- اندیشکدۀ توسعه مدیریت / ۴- اندیشکدۀ مدلسازی و خط‌مشی‌پژوهی